[ksa]

как правильно сделать ожидание конца цикла с применением setTimeout. После окончания цикла нужно запустить новый цикл с применением setTimeout.

Как вариант...

setTimeout(fnc1,5000);
function fnc1() {
   // тут цикл
   setTimeout(fnc2,5000);
};
function fnc2() {
   // тут цикл
};