[Gvozd]

и даже не пробовал этот вариант.

даже пробовать не рискнул

что ж вы такой не уверенный-то?)
от того, что вы попробуете пускай даже бредовую идею, ничего страшного тут не случится

видел функцию str.replace(' ','_')

ну, вполне можно было использовать
только в виде:

new_el.value = el.value.replace(/([\u0410-\u0451])/g,
            function (str,p1,offset,s) {
                if (A[str] != 'undefined'){return A[str];}
            }
        ).replace(/ /g,'_');//символ g использован для того чтобы заменять все пробелы, а не только первый

Но это скорее костыль
правильно будет так сделать:

A[" "]="_";

(вы двигались в верном направлении)
и

new_el.value = el.value.replace(/([\u0410-\u0451 ])/g,//обратите внимание на пробел перед закрывающей квадратной скобкой.
                                                                          //благодаря ему и работает
            function (str,p1,offset,s) {
                if (A[str] != 'undefined'){return A[str];}
            }
        );

суть в том, что мы расширили символьный класс [\u0410-\u0451] до [\u0410-\u0451 ], добавив пробел в качестве символа для поиска
для того, чтобы понять как вообще работают регулярные выражения в JS, рекомендую ознакомится со статьями
http://javascript.ru/basic/regular-expression
http://javascript.ru/RegExp