Извиняюсь... и забыл ради чего намечалось то)) Замени id в конце на valuе
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset = "utf-8">
<script src="confgroup.js" type="text/javascript"></script>
<script src="//vk.com/js/api/xd_connection.js?2"type="text/javascript"></script>
</head>
<body>
<form onsubmit = "checkgroup(document.getElementById('id'));">
<input type = "text" id = "id" name = "id">
<input type = "submit" value = "Send">
</form>
</body>
</html>
function checkgroup(id) {
alert(id.value); // тут
}