Либо использовать экранирование:
document.write("<input type=text value=\""+X1+", "+Y1+"\"><br>");
document.write("<input type=text value=\""+X2+", "+Y2+"\"><br>");
document.write("<input type=text value=\""+X3+", "+Y3+"\"><br>");
Либо (что предподчтительнее) разные кавычки для JS и HTML:
document.write('<input type="text" value="' + X1 + ', ' + Y1 + '"><br>');
document.write('<input type="text" value="' + X2 + ', ' + Y2 + '"><br>');
document.write('<input type="text" value="' + X3 + ', ' + Y3 + '"><br>');
И не забывать закрывать кавычки в HTML атрибутах, а так же закрывать теги.