Протокол
javascript: внутри onClick указывать не надо. Кроме того, следите за кавычками - в выражении внутри onClick есть одинарные кавычки, которыми он окружен.
document.write("<a href='#' onClick='popUpWindow(\'rus.html\', 0, 0)'><img src='/img/rus.jpg' alt='русская версия' width='41' height='32' border='0' /></a>");