Поток js един независимо от кол-ва подключённых js файлов. Если функция объявлена глобально, то её можно просто в лоб перезаписать.
function Func(){/*старый код*/};
Func = function(){/*новый код*/};
Сделать это можно через консоль(ctrl+shift+i / F12), запилив
букмарклет или
userscript.