[Aetae]

Это не ошибки же. Просто закрывающий тег закрывает текущий inline <script>. Вот и всё. При загрузке внешнего скрипта такого естественно не происходит.

Меня раздражают люди, что тупо по подобию разрывают открывающий тег. Это говорит о них как о существах с мистическим подходом к жизни.

Shurik, script подключённый через innerHTML не исполнится, используйте:

function loadScript(url) {
	var script = document.createElement('script');
	script.src = url;
	document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
}