[jsnb]

Как вариант можно пропустить первые элементы при объявлении:
var arr = [,[1,2],[3,6],[7,10]]
Правда свойство length массива всё равно считается по последнему индексу. Его конечно можно переопределить, но как-то это неправильно.
А точно массив нужен? Может лучше использовать обычный объект с числовыми свойствами?
Впрочем ничто не мешает написать функцию, которая будет генерировать массив так как надо.