[jsnb]

Ну так и вставьте код из JSFile.js в блок

<script id="cocos2d-html5">
//тут код
</script>

и вставьте этот блок в конец body перед закрывающим тегом. Думаю вот эту строку:

document.ccConfig = c;

надо будет поместить после этого кода:

var c = {
 
        menuType:'canvas',
        loadExtension:true,
        tag:'gameCanvas',
        SingleEngineFile:'JSFile.js',
    };
document.ccConfig = c;

Ну а из head убрать эту часть:

window.addEventListener('DOMContentLoaded', function () {
        var s = d.createElement('script');
        s.src = c.SingleEngineFile;
        document.ccConfig = c;
        s.id = 'cocos2d-html5';
        d.body.appendChild(s);
    });

Но я никогда с этим кокосом дел не имел, поэтому не ручаюсь что оно корректно так заработает.