//это обычная функция, получает только аргументы определенные a и b
function sum(a,b){
return a+b;
}
sum(1,4);//выполняется так
А это метод
$.fn.draw = function(color){
$(this).css('background',color);//красим бэкграунд в определенный цвет
}
//Вызывается так
$('body').draw('red');//красим тело документа в красный цвет
Так вот this - в данном случае это body, то есть тот элемент к которому применяется метод
methods в данном случае не класс а объект:
var methods = {};//создаем объект
methods['sum'] = function(){...}
call , apply служат для вызов метода с нужным контекстом
http://javascript.ru/Function/apply
http://javascript.ru/Function/call