Не очень понятно... Нужно сам файл изменить? Через javascript? Разумеется, это невозможно, ибо javascript передается клиенту как обычный текст и исполняется на стороне клиента. Можно лишь переопределить свойства объекта Anonim конкретно для загрузившего страницу пользователя.
Anonim.VERSION = "1.1";
Anonim.config.SERVER = "javascript.ru";
Но, естественно, при перезагрузке страницы все вернется.