1. Для сайтов в интрасети может автоматически применяться режим совместимости, можно отключить в настройках.
2. Возможно ты случайно занес сайт в список для отображения в режиме совместимости, удалить так же можно в настройка.
3. Возможно ты не указал DOCTYPE или указал неправильно.
4. Добавить
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
чтобы сайт отображался в самом современном режиме.