[Sklifosofsky]

Я сейчас вчитался внимательно...
return как правило прерывает цикл.
Как раз при первом цикле происходит перескок на событие после else, а там return

function haschip(x,y){
	for(var i=0;i<x;i++){
		for(var j=0;j<y;j++){
			if (pl_list_1[i][j].chip === true){
				alert(pl_list_1[i][j].chip); 
 				return true;
			}else {
				alert(pl_list_1[i][j].chip);// Каждый цикл будет false пока не наткнётся на true
				//return false;
			}
		}
	}
         return false; //предлагаю сюда вынести. Хотя не вижу в этом смысла вообще использовать(так на заметку)
}