Collection.clone - это служебный метод для быстрого клонирования JSON валидных объектов, т.е. это частный случай и по сути хакерство, но работает для своих задач очень быстро.
Настоящие клонирования может сделать
extend (тут уже я переписал на рекурсию с циклов, т.к. в последних VM профита уже не стало, а код стал реально понятнее и проще).
// Полное клонирование объекта a
var b = Collection.extend({deep: true, withProto: true, withAccessors: true}, {}, a)
Тут тебе и клонирование прототипов, аксессоров, штрихи, примеси и т.д.