[cha0s]

вы же сохраняйте в переменную $flag?? или не то?

когда я нажму снова на .toggle1, то он уже будет false, так как classRemove был.... у меня окно закрывается таким-же макаром как и открывается по одному div, надо как-то грамотно положить в переменную

$(".toggle1").click(function(){
        $flag = 'false';
        if ($('#header').hasClass('navbar-fixed-top')) {    // при закрытие он будет false все время так как был removeClass.   
            $flag = 'true';
        }
 
        if ($(".toggle1").hasClass("active")) {
                  $(".toggle1").removeClass('active');
// ЗАКРЫВАЕМ ОКНО, ТАК КАК ОНО БЫЛО ОТКРЫТО, и ТУТ надо узнать был ли класс удалён.
                   if (надо вернуть класс обратно если до удаления класс существовал) {
                       $('header').addClass('navbar-fixed-top');
                   }
 
        } else {
// ОТКРЫВАЕТСЯ ОКНО, класс был удалили его. 1 ШАГ
                $(".toggle1").addClass('active');
                if ($flag == 'true') {                 
                    $('header').removeClass('navbar-fixed-top');
                }
        }
    });