ну так делай файл не .js а .php в котором будет присутствовать JS код, и подключи его include/require, естественно что в JS файл ты не вставишь php код... а вот в php файл запросто то и другое.
file.php с содержанием
<?php
$date = new DateTime();
echo '<script type="text/javscript">var date = '.$date->getTimestamp().';</script>';
?>
alert(date);
вот твой будет timestamp с сервера в переменной js, только в файле *.php