тут как-бы уже видно по части
$('#myModal3').stop().animate({ //ID modal window
scrollTop: $($anchor.attr('href')).offset().top
}, 1500, 'easeInOutExpo');
что работа идет непосредственно с #myModal3 а offset уже на href этого линка, у какого документа еще?=) в чем разница? а как мне надо брать правильно этот offset?