решил проблему вот так:
// добавляем скрипт на страницу
var GM_JQ = document.createElement('script');
GM_JQ.src = 'http://mysite2.ru/myscript.js';
GM_JQ.type = 'text/javascript';
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(GM_JQ);
//
setTimeout("myfunc()", 5000);
может кто знает более элегантное решение?