Разобрался. Код также поместил внутрь $(document).ready( function(){ ... }); и всё заработало.
Хотя странно - в такой ситуации прокатывает (в Opera к сожалению не работает, видимо, по причине document.documentElement.clientHeight):
<div id='black' style='position:absolute;width:100%;z-index:5'></div>
<script type='text/javascript'>
$('#black').css('background-color','#000').height(document.documentElement.clientHeight).fadeOut(666);
</script>