В thickbox.js на сколько я помню есть значок "Х", который "закрывает" окно, либо ссылка вверху окна "close". Все это добавляется скриптом thickbox.js, так что не пойму, какие у Вас проблемы.
http://jquery.com/demo/thickbox/ - здесь все хорошо описано, как им пользоваться
