[ksa]

Почему в цикле for не получается присвоить элементу значение из подмассива?

Чего, чего?
Где у тебя какое-то присвоение?

Вот тест твоей конструкции

var input={};
input.num=0;
var cmInputType='RUB';
var cmIndex=[
	['t0'],
	['t1'],
	['RUB']
];
alert(cmIndex[0][0]);
for(var i=0;cmInputType!=cmIndex[i][0];i++){
	input.num++;
};
alert(input.num);

Все правильно посчиталось - 2 элемента не RUB...