[Aetae]

Если делать всё вручную то php сервер будет лишним звеном.)
FineReader вроде ПО корпоративного уровня, по идее там должна быть поддержка загрузки на сервер(накрайняк отправки по почте). Если и нет то можно подцепить папку с сервака и грузить туда.

По поводу многопоточности через setTimeout - я в предыдущем комменте поленился расписывать, но суть в том, что если функция из setTimeout будет вызвана во время выполнения другого неделимого куска кода, то он будет поставлен в очередь до появления окна. Поток всё равно остаётся один, а время задержки в таймауте ставится не точное, а минимальное.

В современных браузерах есть API WebWorker позволяющий таки запускать ещё парочку отдельных потоков и общаться с ними посредством событий. В самых современных есть поддержка генераторов и yield. Но не нужно воевать с языком, его нужно понять.