Siend, нажми "посмотреть", всё работает:
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.js"></script>
</head>
<body>
<input onclick="test()" style="position: fixed" type="button" value="test">
<div style="height: 2000px; text-align: center">DIV</div>
<script type="text/javascript">
function test() {
alert( $(window).scrollTop() );
alert( $(document).scrollTop() );
};
</script>
</body>
</html>