[Erolast]

И еще какого, он мне собирает все файлы в папке, а не только те которые подключены через require?

Потому что ему нужно подавать входной файл, а не все.

TypeError: Cannot read property 'UglifyJsPlugin' of undefined

Очевидно, гулп-вебпак не предоставляет доступа к нативным плагинам.
Надо либо реквайрить core-вебпак отдельно, либо, если уж используешь гульп, использовать гульп-плагины:

let webpack = require("gulp-wepback");
let uglify = require("gulp-uglify");

gulp.task("build", function() {
    return gulp.src("src/index.js")
        .pipe(webpack({
            output: {
                filename: "bundle.js"
            }
        }))
        .pipe(uglify())
        .pipe(gulp.dest("dest"));
})

А вообще, при отсутствии других тасков, кроме билда, можно обойтись и без сборщиков:

//webpack.config.js
module.exports = {
    progress: true,
    colors: true,
    module: {
        loaders: [{
            test: /\.js$/,
            exclude: /node_modules/,
            loader: 'babel-loader'
        }]
    },
    entry: './src/index.js',
    output: {
        path: './dist',
        filename: 'bundle.js'
    }
};

$ webpack
$ webpack --watch

http://webpack.github.io/docs/cli.html