У Вас write затирает всю страницу, в том числе и js
Можете сделать вот так:
<html>
<head>
</head>
<body>
<iframe></iframe>
<iframe></iframe>
<script>
time=function(){
var str=new Date().toLocaleTimeString()+"<br>"
frames[0].document.body.innerHTML=""
frames[0].document.write(str)
frames[1].document.write(str)
}
setInterval(time, 1000)
</script>
</body>
</html>