id у элемента должен быть УНИКАЛЬНЫМ(единственным) на странице, а у Вас к каждому чекбоксу прописан один и тот же аттрибут id. Так делать нельзя! Пропишите чекбоксам класс(или оберните их в div с id), например так:
<div id="checkbox_container">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
<INPUT TYPE="CHECKBOX">
</div>
function myradio()
{
var radio=document.getElementById("r2");
var checkboxes=document.getElementById("checkbox_container").getElementsByTagName('input');
if (radio.checked)
{
for(var i=0; i<checkboxes.length; i++) {
checkboxes[i].checked = true;
}
}
}