Я вообще то с canvas не знаком, но предположу, как вариант, можно работать с разными полотнами как со слоями, типа:
<html>
<head>
<style>
.canv{
border: 1px solid black;
position: absolute
}
</style>
</head>
<body>
<canvas id="layer1" class="canv">
</canvas>
<canvas id="layer2" class="canv">
</canvas>
<script>
l1=layer1.getContext("2d")
l2=layer2.getContext("2d")
l1.strokeRect(50, 50, 50, 50)
l2.strokeRect(30, 30, 30, 30)
</script>
</body>
</html>