Задайте для имен печенек, которые относятся к корзине, определенный префикс. Например, так:
function addCart(name,value) {
$.cookie("my_cart_" + name, value, {expires: 1, path: "/"});
}
Затем, при считывании товаров из печенек, считывайте только те, у которых есть данный префикс. В таком случае Вас не будет беспокоить, какие еще куки установлены.