[devote]

что это может похерить производительность

хм... я конечно понимаю настораживание, но много ли сожрет код:

Object.defineProperty(Object.prototype, '__proto__', {
  set: function(value) {
    Object.setPrototypeOf(this, value);
  },
  get: function() {
    return Object.getPrototypeOf(this);
  }
});

или скорее:

Object.setPrototypeOf = function(obj, value) {
  obj.__proto__ = value;
};
Object.getPrototypeOf = function(obj) {
  return obj.__proto__;
};

Я почему-то склоняюсь больше ко второму варианту, так как первый был реализован до второго.

А насчет их осторожности, тут скорее просто хотят себя огородить от лишних проблем в будущем (вдруг захотят все же убрать свойство).