<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function testValid(sel){
var area = document.querySelectorAll(sel)[0];
area.value = area.value.replace(/;+/gm,';');
alert(area.value);
}
</script>
</head>
<body>
<form id="my-form">
<textarea name="message" id="user-reply">
магазин;крокодил;бензин;;стол;стул;;рыба
</textarea>
<input type="submit" onclick="testValid('#my-form #user-reply')" value="Отправить" >
</form>
</body>
</html>