; в начале это страховка от не закрытых инструкций в конце соответственно закрытия инструкции хоть не обязательно, но все же желательно.
Что же касается
(function () {})() так это создания анонимной функции которая не куда не присваивается а вызывается тут же после создания тоже самое
(function () {}()) ну или
function () {}() jQuery в скобках передается как параметре этой анонимной функции по идеи это должно было выглядеть так
;(function ($) { ... }(jQuery));
(function () { ... } )/* <--Создание анонимной фикции */() /* <-- А эти скобочки являются вызовом этой функции */