[ksa]

Не могли бы Вы подсказать из-за чего это может происходить?

JS не является языком реального времени

Производительность

Большое количество таймеров может привести к серьезной нагрузке на процессор.

Это в первую очередь касается приложений, в которых одновременно анимируется большое количество объектов. В этом случае, по возможности, следует использовать один таймер, который выполняет всю анимацию, а не множество независимых.

http://javascript.ru/setTimeout