Этот метод выполняет код(или функцию), указанный в первом аргументе, асинхронно, с задержкой в delay миллисекунд.

В отличие от метода setInterval, setTimeout выполняет код только один раз.

В каком виде указывать первый параметр - в виде строки кода или функции - разницы нет.

Следующие два вызова работают одинаково:

// первый аргумент - строка
setTimeout('alert("прошла секунда")', 1000)

// первый аргумент - функция
function second_passed() {
  alert("прошла секунда")
}
setTimeout(second_passed, 1000)

При указании строки кода - интерпретатор динамически создает анонимную функцию с телом из данной строки. Но более правильным считается объявление функции в явном виде, например так:

setTimeout(function() { alert('0.5 секунды') }, 500)

Вызов со строкой существует для совместимости с прежними версиями javascript.

Контекст выполнения, this

Функция выполняется в другом контексте, отличном от контекста, в котором задается setTimeout.

При этом значение this = window, поэтому о передаче правильного this надо позаботиться отдельно.

object = { 
   func: function() { alert(this) }
}

setTimeout( object.func , 1000) // this будет равно window

object = { 
   func: function() { alert(this) }
}

// правильный вариант с передачей this
setTimeout( function() { object.func.call(object) } , 1000)

Как правило, this также передаетя через замыкание, для этого используется либо промежуточная переменная во внешней функции, которая заранее ставится в нужное значение.

...
var self = this // промежуточная перменная
function fun() {
   alert(self)
}
setTimeout(fun, 1000)

Отмена выполнения

Вы можете отменить выполнение setTimeout при помощи clearTimeout, используя для этого идентификатор таймаута.

var timeout_id = setTimeout(...)
clearTimeout(timeout_id)

<input type="button" onclick="on()" value="Запустить таймаут"/>
<input type="button" onclick="off()" value="Остановить отсчет"/>
<script>
function go() { alert('Я сработало') }

function on() {
    timeoutId = setTimeout(go, 3000)
}

function off() {
    clearTimeout(timeoutId)
}
</script>