Я бы начал отсюда:
http://docs.sencha.com/cmd/6.x/workspaces.html
Если подумать, то я бы держал в одном workspace все родственные приложения и пакеты. Если пакет используется в более чем одном приложении и эти приложения разные, то наверное имеет смысл выделять такой пакет в свой workspace.
Насчёт репозитории не понятна проблема. .gitignore уже запретили? :)