Вы сгенерировали приложение и там есть 2 каталога, речь об этом?
Если да, то на этапе генерации шаблона приложения можно сказать какой тип вам нужен и всё будет выглядеть традиционно. Например так:
sencha app generate -ext -classic MyApp ./MyApp
Ну а в целом это дело сугубо ваше как каталоги выглядят. Всё настраивается при желании.