что делает код не вникал, поправил синтаксис
$(document).ready(function () {
var isa = $(".inner, span.after");
var a = $('a.flex');
$(a).hover(function () {
$(isa).hover(function () {
$(this).animate({'opacity': 0.88}, 200)
}, function () {
$(this).animate({'opacity': 0.88}, 200)
});
});
});
Пользуйтесь нормальными редакторами с подсветкой синтаксиса (ошибка в слове "function" и неправильные скобки)