[Алексей Петрович]

Меня пугает margin-top: -50px; padding-left: 70px;, зачем это вообще нужно?
CSS:

.content {
    position: relative;
    overflow: auto; }
.popmnu {
    z-index: 100;
    display: none;
    position: absolute;
    top: 0;
    left: 0; }

HTML:

<div class="content">
    <img src='images/flag.png' onmouseover=Popmenu('flagA') />
    <div class='popmnu' id='flagA'>
        <ul>
            <li><a href='1.html'>город 1</a></li>
            <li><a href='2.html'>город 2</a></li>
        </ul>
    </div>
</div>

Ты </div> пропустил может в этом проблема, а может из-за margin. А лучше сделай это без JS. Вот тебе простой пример без JS http://jsfiddle.net/gu7e425y/.