Ничего не поделаешь, придется вспомнить про Пифагоровы штаны.
Расстояние между центрами прямоугольников, а судя по просьбе оно задается, это катеты, а по ним даже без тригонометрии можно узнать гипотенузу, длину линии соединения. Известны три стороны прямоугольника, остается найти угол, формулы перед вами, рисунок поясняющий тоже. Вся тригонометрия в JS, это
Math.