Вы добавляете в DOM 1000 элементов, после чего удаляете все кроме 20, и удивляетесь что браузер делает именно то что вы у него попросили.
Правильнее будет добавлять в DOM только 20 элементов
Почему бы не использовать Clusterize.js? Плагин-то простецкий