[nohuhu]

Не совсем:

"js": [{
    "path": "https://yastatic.net/jquery/2.2.3/jquery.min.js",
    "includeInBundle": true
}, {
    "path": "app.js",
    "bundle": true
}]

При такой конфигурации код jQuery всегда будет идти перед вашим приложением в app.js, и вы избежите потенциальных проблем с порядком инициализации.