Перенес все свои оверрайты сюда:
"overrides": [
        "overrides/common"
    ],
Прописал для разных сборок следующее:
"production": {
        ...
        "overrides": [
            "overrides/common",
            "overrides/production"
        ]
    },
"development": {
        ...
        "overrides": [
            "overrides/common",
            "overrides/development"
        ]
    },
Строку ${app.dir}/ убрал, так как еще с прошлого раза она вызывает у команды sencha app watch понос.
Проблема, если сборочные "overrides": [ убрать, то все работает как раньше. Но если вставить, то будто бы этих оверайтов нет. В общем что-то не работает. А что - не ясно.
Причем sencha app watch не ругается.
.