[Dilettante_Pro]

espltd,
Возможно, что-то вроде этого подойдет?

chrome.browserAction.onClicked.addListener(function () {
   audio.onended = function() {
     setTimeout(function () {
        chrome.tabs.executeScript({
            code: 'document.body.style.opacity=0.5; alert("This is modal window!"); document.body.style.opacity=1;'
        });
    }, 5000);
  };
});

Вместо модального окна - алерт, но это демонстрация принципа