[Dilettante_Pro]

espltd,
А где вы его запускали?
Я пробовал его, сделав как отдельное приложение.
Правда, вот в таком варианте (файл background.js):

chrome.browserAction.onClicked.addListener(function () {
     setTimeout(function () {
        chrome.tabs.executeScript({
            code: 'document.body.style.opacity=0.5; alert("This is modal window!"); document.body.style.opacity=1;'
        });
    }, 5000);
});

со срабатыванием через 5 секунд после запуска приложения.
с манифестом

{
  "name": "Page Paler",
  "description": "Make the current page pale",
  "version": "2.0",
  "permissions": [
    "activeTab"
  ],
  "background": {
    "scripts": ["background.js"],
    "persistent": false
  },
  "browser_action": {
    "default_title": "Make this page pale"
  },
  "manifest_version": 2
}