.htaccess
RemoveHandler .html .htm
AddType application/x-httpd-php .php .htm .html .phtml
<html>
......
<script>
var $points = <?php include 'getdata.php'?>
</script>
<script src="ymaps.js"></script>
....
</html>
в ymaps.js в строке 58 points = $points.
Можно и JS указать исполняемым, вывод его производить скриптом и подключения делать в нем.