[zzareyan]

можно использовать библиотеку async и для твоей коллекции вызвать
async.eachLimit

это как раз твой случай. Вторым параметром указываешь, сколько максимум файлов можно обрабатывать одновременно.

В общем использовал та же модуль, но другим путем. За ответ все же спасибо.

var async = require('async');
var queue = async.queue(function(filename, callback) {
    //работа с файлами
}, 1000);
 
for (var i = 0; i < files.length; i++) {
    queue.push(files[i]);
}