[Diphenyl Oxalate]

Блокировка всплывающих окон наверно.
Попробуйте таймаут поменьше сделать. Вот у меня при 1 сек. всё открывается, а при 2 уже нет.

$("a").click(function () {
	var that = this;
	setTimeout(function () {
		window.open( that.href );
	}, 1000 );
	return false;
});