Stenli, jQuery дважды подключается чтобы наверняка?)
$(document).ready(function() {
var Final = '';
$('#sendTo').on('click', function () {
//var insertData = $('#insertArea').val();
//
var bodyVal = $('#insertArea').val();
bodyVal = bodyVal.substring(bodyVal.indexOf('<body>')+6, bodyVal.lastIndexOf('</body>')).trim();
// replace dates
var reg = /\d{2}\.\d{2}\.\d{4}/g;
bodyVal=bodyVal.replace(reg, '<?=date(' + 'd.m.Y' + ', strtotime(' + '-3 day' + '));?>');
// display result
Final += bodyVal;
$('#pastArea').val(Final);
});
});