Если поняла правильно, должно выглядеть так:
if($('.input-control').val())$('.input-control').parent('div.form-group').addClass('input-focused');
$('.input-control').on('focus blur', function(e){
if(!$(this).val())$(this).parent('div.form-group')[e.type === 'focus' ? 'addClass' : 'removeClass']('input-focused');
});
<div class="form-group"><span><input name="email" type="text" class="input-control"></span></div>
<div class="form-group"><span><input name="password" type="password" class="input-control"></span></div>
В вышеуказанном варианте, к <div class="form-group"> не присвоился класс input-focused.