[destus]

Sinevik,
тебе из корня проекта нужно запускать, а не переходить непонятно в какую директорию.

./node_modules/.bin/webpack <input filename.js> <output filename.js>

Ну или делать на уровне npm скрипта, чтобы не писать полный путь к вебпаку.