[Sonya]

Наверное из-за DOMContentLoaded, т.к. окно вызывается из другого файла,

<aside id="popup">
<input type="number" step="3" id="summa" min="3" value="5">
<p>Итого: <span id="count"></span></p>

<script>
window.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {
  var item = document.getElementById("summa");
  function foo() {
    var output = document.getElementById("count");
    output.innerHTML = (this.value / 3).toFixed(2);
  }
  item.addEventListener("input", foo);
  foo.bind(item)();
});
 </script>

</aside>

<script>
function popup_show(){$('#popup').show();}
</script>